Gió Nam Hiểu Lòng Tôi kể về hai nhân vật chính của phim là Chu Cựu và Phó Vân Thâm. Họ cùng nhau tìm kiếm một loại thảo dược để nghiên cứu thuốc. Thế nhưng sau đó, thành quả của Phó Vân Thâm lại bị anh em cùng cha khác mẹ Phó Tây Châu cướp đoạt. Bản thân Phó Vân Thâm thậm chí còn gặp tai nạn và gần như trở thành một người tàn phế.
Trong những ngày tháng tăm tối, tuyệt vọng đến vô cùng, Chu Cựu chính là ánh sáng hi vọng của Phó Vân Thâm. Cô đồng hành, sát cánh bên anh và hai người đã dần nảy sinh tình cảm với nhau. Dẫu vậy, hành trình yêu đương của họ sẽ gặp phải nhiều trắc trở, sóng gió.